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Text File  |  1995-03-04  |  3.9 KB  |  76 lines
  1. *****************************
  2. * TGF-beta family signature *
  3. *****************************
  4.  
  5. Transforming growth  factor-beta (TGF-beta) [1] is  a  multifunctional peptide
  6. that controls proliferation,  differentiation and other functions in many cell
  7. types.  TGF-beta-1 is  a  peptide  of  112  amino  acid  residues  derived  by
  8. proteolytic cleavage from the C-terminal of a precursor protein.   A number of
  9. proteins are known to be related to TGF-beta-1 [1,2]. They are listed below.
  10.  
  11.  - At least four other forms of TGF-beta have  been found,  they  are known as
  12.    TGF-beta-2, -3, -4 and -5.
  13.  - Mullerian inhibitory  substance  (MIS), produced  by  the  testis, which is
  14.    responsible for the regression of the Mullerian ducts in the male embryo.
  15.  - Inhibins, which inhibit the  secretion  of  follitropin  by  the  pituitary
  16.    gland, and activins which have the reverse action. Inhibins are heterodimer
  17.    of an  alpha  chain    and  a beta-A or a beta-B chain; activins are either
  18.    homodimers of beta-A chains or heterodimers of a beta-A and a beta-B chain.
  19.    All three chains are related to TGF-beta.
  20.  - Bone  morphogenetic proteins [3] BMP-2, BMP-3 (osteogenin), BMP-4 (BMP-2B),
  21.    BMP-5, BMP-6  (VGR-1), BMP-7 (OP-1) and BMP-8 (OP-2) which induce cartilage
  22.    and bone  formation  and  which are probably involved in the control of the
  23.    production of skeletal structures during development.
  24.  - The embryonic growth factor GDF-1,  which may mediate  cell differentiation
  25.    events during embryonic development.
  26.  - Mouse protein nodal, which seems essential for mesoderm formation [4].
  27.  - Chicken  dorsalin-1  (dsl-1)  [5]  which  may regulate cell differentiation
  28.    within the neural tube.
  29.  - Xenopus vegetal hemisphere protein Vg1, which seems to induce the overlying
  30.    animal pole cells to form mesodermal tissue.
  31.  - Drosophila  decapentaplegic  protein (DPP-C),  which  participates  in  the
  32.    establishment of dorsal-ventral specification.
  33.  - Drosophila protein 60A.
  34.  
  35. Proteins from  the TGF-beta  family  are  only active as homo- or heterodimer;
  36. the two chains being linked by a single disulfide bond. From X-ray studies  of
  37. TGF-beta-2 [46,  it  is  known that all the other cysteines  are  involved  in
  38. intrachain  disulfide bonds.      As   shown   in   the   following  schematic
  39. representation, there are four disulfide bonds in the TGF-betas and in inhibin
  40. beta chains,  while the other member of this family lack the first bond.
  41.  
  42.                                                      interchain
  43.                                                      |
  44.           +------------------------------------------|+
  45.           |                *******                   ||
  46. xxxxcxxxxxCcxxxxxxxxxxxxxxxxxxCxxCxxxxxxxxxxxxxxxxxxxCCxxxxxxxxxxxxxxxxxxxCxCx
  47.     |      |                  |  |                                        | |
  48.     +------+                  +--|----------------------------------------+ |
  49.                                  +------------------------------------------+
  50.  
  51. 'C': conserved cysteine involved in a disulfide bond.
  52. '*': position of the pattern.
  53.  
  54. As a  pattern  to detect these proteins, we use a region which includes two of
  55. the conserved cysteines.
  56.  
  57. -Consensus pattern: [LIVM]-x(2)-P-x(2)-[FY]-x(4)-C-x-G-x-C
  58.                     [The two C's are involved in disulfide bonds]
  59. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  60. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  61. -Last update: June 1994 / Text revised.
  62.  
  63. [ 1] Roberts A.B., Sporn M.B.
  64.      (In) Peptide growth factors and their receptors, Handbook of Experimental
  65.      Pharmacology, Vol. 95, pp419-475, Springer Verlag, Heidelberg, (1990).
  66. [ 2] Burt D.W.
  67.      Biochem. Biophys. Res. Commun. 184:590-595(1992).
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  76.